هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد…....
قهرمان ما ناروتو در چاکرا ویژه ایی قرار گرفته که او را به گذشته میبرد. او خود را در شهر لران می یابد. همانطور که او با چیزهای عجیب و غریب مواجه می شود، آیا می تواند آینده را در زمان گذشته نجات دهد یا خیر؟
نینجاها با اصل و نسب های مختلف شروع به ناپدید شدن در تمام کشورها و سرزمین ها می شوند و همه مقصر اصلی را کشور آتش میپندارند. به دستور تسوناده، کاکاشی قربانی می شود تا از جنگ با دیگر کشورها جلوگیری کند. ناروتو از با کمک دوستان برای جلوگیری از مرگ او تلاش میکند...
