این انیمیشن درباره 4 حیوان به نام «آلکس (شیر)»،«مارتی (گورخر)»،«ملمن (زرافه)» و «گلوریا (اسب آبی)» است. این حیوانات در قسمت جدید هم در تلاش هستند تا به باغ وحش نیویورک برگردند و در راه برگشت در حالی که از اروپا می گذرند برای اینکه کمتر جلب توجه کنند، به یک سیرک سیار می پیوندند...
حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیو یورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آنها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.
چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آنها خود را در ماداگاسکار می یابند.
پس از شناور شدن قاره ها روی آب، «مندی»، «سید» و «دیگو» روی قطعه یخی شناور در اقیانوس به مکان های مختلفی کشیده می شوند و در این راه پر خطر با دزدان دریایی و هیولاهای گوناگونی رو به رو می شوند. اما این اتفاقات سبب آشنایی آنها با دنیایی جدید می شود...
سید که سرپرستی سه تخم دایناسور را بر عهده گرفته، تصادفا از دنیای گمشده زیرزمینی دایناسور ها سر در می آورد و گرفتار مادر واقعی تخم‌ها میشود. از این رو دوستانش تصمیم میگرند او را نجات دهند.
منفرد، سید و دیگو در می یابند که عصر یخبندان رو به اتمام است، و با دیگران برای رفتن به زمین‌های بلندتر، همراه می شوند. در طول این سفر آنها می فهمند که منفرد تنها ماموت پشمالو باقیمانده در دنیا نیست.
در زمان عصر یخبندان یک ببر دندان شمشیری، یک تنبل، و یک ماموت پشمالو، یک بچه آدمیزاد را پیدا می کنند و تصمیم میگیرند او را به خانواده‌اش بازگردانند.
ماجرای فیلم ادامه قسمت اول (Night at the Museum 2006) است که حول و هوش اتفاقاتی است که در موزه اسمیتسونیان واشنگتن رخ میدهد .(بن استیلر) که بعد ازاتفاقات داستان اول از شهر خارج شده بعد از گذشت چند وقت به شهر بر میگرده و متوجه میشه که موزه قبلی تعطیل شده و تمام اشیاء عتیقه این موزه به موزه جدیدی در واشنگتن انتقال پیدا کرده . شخصیتهای جدید این قسمت ماجراهای جالب و خنده داری رو رقم میزنن که هر بیننده ای رو به خودش جلب میکنه …
«لري ديلي» (استيلر) کاري را به عنوان نگهبان شب موزه ي تاريخ طبيعي قبول مي کند اما در نخستين شب نگهباني اش در مي يابد که چه کار مشکلي دارد: شب که فرا مي رسد يک طلسم مصري، اشيا و فيگورهاي مومي را زنده مي کند!....
داستان درباره پنگوئن های امپراطور در قطب جنوب است. مامبل یکی از این پنگوئن هاست که با بقیه فرق دارد. او برعکس بقیه پنگوئن ها نمی تواند آواز بخواند و این باعث می شود که توسط بقیه پنگوئن ها طرد شود.