چهارده سال از سومین برخورد نزدیک گذشته است.همه دنیا تغییر کرده به جز،"شینجی ایکاری" که در محیطی عجیب بهوش می آید."میساتو" گروهی را تشکیل داده که از "نرو" جدا شده است...
داستان نوجوانانه حول بزرگ شدن بچه های باشگاه سافت تنیس مدرسه دبیرستان مقدماتی می پردازد، که در معرض بسته شدن است. توما شینوجو از ماکی کاسوراگی می خواهد به خاطر مهارت هایی که ادعا می کند به تیم ملحق شود، و به مسابقات تابستانی اشاره می کند. کاسوراگی برای این کار پول ی درخواست می کند.
دشمنی عجیب و غریب و قوی به نام سایرن، ناگهان از دریا ظاهر میشود. برای جنگیدن مقابل آنها گروهی از ارتش دریایی شکل میگیرد. آن ها موفق شدند که برای لحظه ای حمله سایرن را با بکارگیری ناوهای جنگی متوقف کنند. داستان درمورد دخترانی ست که با دشمنان قوی که درهیچ اردو نظامی که تابحال داشتند با چنین مواردی مواجه نشدند، میجنگند.