داستان انیمه در آینده‌ی دوری شکل میگیره، هزاران سال گذشته و انسان‌ها بخاطر نابود شدن زمین توسط هیولاهای غول پیکر فضایی با نام Gauna ، از زمین فرار کردن و درون سفینه‌های فضایی که از باقی مانده سیاره ساخته شدن، زندگی میکنن. یکی از این سفینه‌های فضایی، “Sidonia” نام داره و انسان‌های زیادی درون اون سفینه زندگی میکنن و حتی با نابود شدن کره زمین، انسانیت به سمت انقراض و نابودی نرفته و بقای خود رو ادامه دادن. مبارزه بین انسان‌ها و Gauna ها رو دنبال میکنیم؛ Nagate Tanikaze ، مرد جوان داستان ماست که در قعر این سفینه بزرگ شده و تمرینات خاصی رو برای هدایت اسلحه‌های رباتی به نام Gardes دیده و نحوه هدایت کردن این سلاح‌ها یا ربات‌ها رو آموزش دیده و حالا قراره با روبرو شدن و جنگیدن با Gauna ها ، برای بقا انسانیت جان خودش رو به خطر بیاندازه.
7.7-