داستان این انیمه در مورد پسر جوانی ترسویی به نام Yugi Mutou است که عاشق انواع بازی ها می باشد و مورد آزار و اذیت دوستانش اکثر مواقع قرار می گیرد روزی او موفق می شود یک پازل باستانی به نام Millennium Puzzle را حل نماید که حل این پازل باعث می شود که او تبدیل به یک قمار باز حرفه ای شود و روح مرموزی دربدن او نفوذ نماید و از این به بعد یک تاریکی در قلب او نفوذ می کند . بازنده های این مسابقات باید مجازات های تاریکی شوند و با نام Penalty Game نیز شناخته می شوند . او در بسیاری از بازی های کارتی برای کسی شانس برنده شدن نمی گذارد و در اکثر بازی ها برنده میدان است . یوگی و دوستانش متوجه می شوند که روحی که در پازل ها وجود دارد یکی از فرعون های مصر در زمان گذشته می باشد که حافظه اش را از دست داده است و با نام Pharaoh شناخته می شود و …
یوکی ریتو (Yuuki Rito) یک پسر دبیرستانی است که نمیتواند عشق خود را به دختر رویاهایش هارونا سایرنجی (Sairenji Haruna) اعتراف کند. یک روز یک دختر ناگهان جلوی او ظاهر میشود. نام او لالا (Lala) است و از سیاره دویلوک (Deviluke) آمده است و او جانشین پادشاه آن سیاره است. پدرش میخواهد که او برگردد تا بتواند با یکی از خواستگارهایش ازدواج کند، اما او تصمیم میگیرد که با ریتو ازدواج کند تا بتواند روی زمین بماند.
دخترهای سشومارو و اینویاشا عازمِ سفری فراسوی زمان شدن! در عصر فئودال ژاپن، دوقلوهای نیمه اهریمنی با نامهای تووا و ستسونا در پیِ یک آتش سوزی در جنگل از همدیگه جدا شدن. تووا درحالی که با نااُمیدی به دنبال خواهر کوچکترش میگشت، در داخل یک تونل اسرارآمیز به گشت و گذار میپردازه که همون تونل اون رو به عصر امروزی ژاپن منتقل میکنه، جایی که سواتا، برادرِ کاگومه هیگوراشی، و خانوادهاش اونو پیدا و بزرگ میکنن. ده سال بعد، تونلی که هردو دوره رو به هم وصل میکنه مجدداً باز شده، و این اجازه رو به تووا میده که دوباره با ستسونا، که حالا دیگه یه اهریمنکُش شده که برای کوهاکو کار میکنه، دیدار کنه و به هم بپیوندن. ولی تووا درکمال تعجب متوجه میشه که ستسونا ظاهراً تمام خاطراتی که از خواهر بزرگترش داشته رو از دست داده. همراه با موروها، دختر اینویاشا و کاگومه، هر سه دختر جوان در یک ماجراجویی بینِ دو دوره سفر میکنن تا گذشتهی ازدسترفتهشون رو بازپس بگیرن.