کنیچی و هاتوری دو برادر نینجایی هستند که به شکل یک پسر معمولی به مدرسه میروند. آنها با کمک سگ نینجای خود، شیشیمارو و دوست دختر کنیچی، یومکو، در برابر دشمنان خود از جمله نینجای کوگا و سایهگربهای که با او همکاری میکند، مقابله میکنند.
کنیچی میتسوبا پسر ۱۱ سالهای است که در مدرسه راهنمایی درس میخواند ولی با درسهایش مشکل دارد. او خیلی سرکش و تنبل است و همیشه پدر و مادر و معلمش را عصبانی میکند. او دوست دارد کارها را به راحتی انجام دهد. او با هاتوری کانزو، نینجایی از قبیله ایگا، دوست میشود و به خانواده میتسوبا میپیوندد. برادرش شینزو و سگ نینجایش شیشیمارو هم با او هستند. هاتوری به کنیچی در حل مشکلاتش کمک میکند و چشم بر روی او نگه میدارد. دشمن اصلی آنها کموماکی است، نینجایی از قبیله کوگا، که با گربه نینجایش کاگچیو همراه است. او همیشه برای کنیچی دردسر درست میکنه، بخصوص وقتی که با یومیکو، دختری که هر دو به او علاقه دارند، رقابت دارد. کنیچی معمولا از هاتوری میخواهد که برایش انتقام بگیرد. گاهی هاتوری و کنیچی با هم دعوا میکنند به خاطر سوء تفاهمهای کموماکی. جیپو، توگجیر و تسوبام هم گاهی به آنها کمک میکنند.