ماری سونادا و دیگران با بازگشت ماساتو کوساکا و تاکومی اینویی که به اسمارتبرین پیوسته است، غافلگیر میشوند. اسمارتبرین اکنون به شرکتی تبدیل شده که قصد دارد اورفنوچها را نابود کند. ماساتو برای محافظت از اورفنوچها با اسمارتبرین میجنگد و تاکومی رهبری اسمارتبرین را بر عهده دارد. ماری و دیگران گیج و متعجب هستند که چرا تاکومی به اسمارتبرین پیوسته است. این دیدار مجدد آشفته، آغازگر داستانی جدید در مورد اورفنوچها و بشریت است.
ژاپن آخرالزمان ، توکیو به یک بیابان تبدیل شده و در این میان یک جنگجو در بیمارستانی با بدن مکانیکی از خواب بلند می شود و متوجه کشته شدن شوهر و فرزندش در این میان می شود ، حال او به دنبال انتقام می رود ..