دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.
ایکیچی اونیزوکا که قبلا رهبر گروه خلافکار بوده، به عنوان معلم یک کلاس دانشآموزان قلدر به کار گرفته میشود. البته آنها بدون هدف و برای سرگرمی این کار را نمیکنند، بلکه علل خاص خود را دارند. رئیس مدرسه به او وظیفه میدهد که به این دانشآموزان درگیر و پرخاشگر کمک کند تا به سطح بهتر و سالمتری از بزرگسالی برسند، و در عین حال به آموزش دوباره معلمان نیز یاری رساند.