یک دارو برای از بین بردن ژن ایکس ایجاد شده است. در میان انسانهای جهش یافته دو گروه بوجود می آیند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آنها قرار دارد.
دو مرد با قدرتهای خارق العاده به یک آکادمی خصوصی از هم نوعانشان می آیند. در واقع افراد این آکادمی تیمی از ابرقهرمانها هستند که باید با یک تشکیلات تروریستی با قدرتهای مشابه مقابله کند....
مردان ایکس گرد هم آمدهاند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسانهای جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.