داستان در مورد چهار برادر جهش یافته لاکپشتی است. لئوناردو ، رافائل ، داناتلو و مایکل آنجلو. چهار برادر توسط استادشان اسپلینتر آموزش دیده اند و حالا میخواهند در برابر دشمنشان شردر از شهر محافظت کنند.
"لاک پشت های نینجا" که در نیویرورک هستند ، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ،"تی سی آر آی" آمده می کنند."دکتر باکستر استاکمن" که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند ، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال "آپریل اونیل" خبرنگار به کمک 4 لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویروک شوند و …..
نيويورک. «شردر» (سايتو)، استاد ياغي نينجا، بچه هاي ناراضي شهر را جمع کرده و با تشکيل گروهي به نام «فوت» مردم را غارت و تهديد مي کند. تا اين که موجودات مرموزي زن خبرنگاري به نام «اونيل» (هوگ) را که از مخالفان فعال اين جنايت هاست، از دست اوباش نجات مي دهند. اين موجودات، لاک پشت هاي نينجاي دگرگون شده ي نوجوان هستند...
