دکتر «هنری ایندیانا جونز» باستان شناس معروف، پس از سال ها، برای برملا کردن رازی که در پس یک شی باستانی معروف به جمجمه بلورین است، دوباره وارد عمل می شود.
«اينديانا جونز» (فورد) پروفسور باستان شناسي است که براي برگرداندن اشياي تاريخي به موزه ها مي جنگد. مجموعه داري ثروتمند به نام «والتر» (گلاور) به او مي گويد که پدرش «دکتر جونز» (کانري) متخصص قرون وسطی، در ميانه ي جست و جو براي يافتن جام مقدس ناپديد شده است و «ايندي» سعي مي کند جاي او را پيدا کند.
دهه ي ۱۹۳۰ مأموران اطلاعاتي به باستان شناس و ماجراجوي امريکايي، «اينديانا جونز» (فورد) مي گويند که «هيتلر» در پي يافتن صندوق مقدس گم شده است تا از آن براي مقاصد سلطه جويانه اش استفاده کند. آنان از «جونز» مي خواهند تا صندوق را پيدا کند و به امريکا بياورد.