بعد از 7 سال و بزرگ شدن فرزند مایکل اسکافیلد ، داستان از آن جایی شروع می شود که “تی بَگ” با یک مدرک می خواهد به لینکولن ثابت کند که مایکل هنوز زنده است. بعد از تحقیقاتشان لینکولن رد پای برادر خود را در یک زندان دورافتاده پیدا می کند و برای نجات او به سفری خطرناک می رود...
به خاطر بازی های سیاسی ، یک مرد بیگناه روانه زندان شده و سپس به اعدام محکوم می شود. در اینجا برادر او که یک نابغه است عمدا خود را به همان زندان می اندازد تا خود و برادرش را از آنجا فراری دهد...
