هاکووبو داستان دو جوانی را نشان می دهد که در روستای فوکوشیما زندگی می کنند: ساچی کویاما ، دختری که از نوازندگی ویولن برتری دارد و یوسوسوکه کجینامی ، پسری که عاشق نقاشی است. پس از یک برخورد ناخوشایند و بد ، این دو عاشق می شوند ، اما یوسوسکه هنوز در سایه زلزله و سونامی توهوکو در سال 2011 زندگی می کند.
در روز اول مدرسه دختر زیبایی به نام هاروهی سوزومیا خود را به عنوان کسی که “علاقه ای به انسان های معمولی ندارد” معرفی می کند. او از هر گونه بیگانه، سفر کننده در زمان، لغزنده یا اسپر درخواست می کند که به او بپیوندند. کیون پسری که جلوی هاروهی نشسته و تنها شخصی است که با او صحبت می کند، رفتار عجیب و غریب او را تماشا می کند. با دیدن اینکه هاروهی به همه باشگاه های مدرسه می پیوندد و سپس ترک می کند، کیون به طور ناخودآگاه به هاروهی ایده ای می دهد که باشگاه خودش را بعد از مدرسه تشکیل دهد. سپس کیون و چند نفر دیگر خود را در برگاد سوزومیا هاروهی (S.O.S. Brigade) که با شعار “جهان را با سرگرم کردن آن نجات دهید” فعالیت می کند، به طور واقعی کشیده شده اند.