این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود.
اوایل قرن 21 شهاب سنگی در قطب جنوب سقوط کرد وقتی دانشمندان برای تحقیق به محل حادثه اعزام شدند انفجار دیگری رخ داد که به “Second Impact” طبقه بندی شد. شینجی ایکاری پسری 14 ساله که برای دیدن پدرش به شهر Tokyo3 اومده شهری قلعه مانند که توسط مجودات غول پیکری به نام “Angels” به محاصره در اومده و...
رالی وینسنت و مینی می هاپکینز، دو زن ماجراجو، به طور غیرقانونی یک مغازه اسلحهفروشی راه انداختهاند. آنها توسط بیل کالینز، مأمور ATF، باجگیری میشوند و مجبور به کار برای ATF میشوند. آنها در یک ماموریت پیچیده و خطرناک درگیر میشوند که از آنچه تصور میکردند، بسیار بزرگتر است.