در این داستان، شمشیر نماد حقیقت است که راه را روشن میکند. عشق و اتفاقات غیرمنتظرهای رخ میدهد و نبردی بزرگ بر سر یک گنجینه اسرارآمیز آغاز میشود که میتواند جهان را تغییر دهد.
چهارده سال از سومین برخورد نزدیک گذشته است.همه دنیا تغییر کرده به جز،"شینجی ایکاری" که در محیطی عجیب بهوش می آید."میساتو" گروهی را تشکیل داده که از "نرو" جدا شده است...
زیر حملات دائمی فرشتگان،"نرو" دو خلبان جدید را معرفی می کند،"ماکینامی" اسرارآمیز و "آسوکا" قدرتمند.در همین حین "گندو ایکاری" و "سیل" پروژه ای مخفی را پیش می برند و...
نبرد تُکوگاوا سال ها قبل به پایان رسیده. ولی هنوز عده ای وجود دارن که از نتیجه ی جنگ راضی نیستن. شیگوره تاکیمی کشته شدن دوست ها و خانواده ش رو در طول جنگ با چشمای خودش شاهد بود و حالا در حال جمع کردن یک گروه برای شورش علیه حکومته. تنها کسی که می تونه جلوی شیگوره رو بدون خونریزی بگیره کنشین هیمورا هستش اما...
کیدو کایتو نقشه میکشد تا تخممرغ عید جواهرنشان کمیابی را بدزدد. کارآگاه کونان و دوستانش مشتاقاند تا مانع او شوند و رازهای دور این تخممرغ و خانوادهی صاحب آن را فاش کنند...
این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود.
اوایل قرن 21 شهاب سنگی در قطب جنوب سقوط کرد وقتی دانشمندان برای تحقیق به محل حادثه اعزام شدند انفجار دیگری رخ داد که به “Second Impact” طبقه بندی شد. شینجی ایکاری پسری 14 ساله که برای دیدن پدرش به شهر Tokyo3 اومده شهری قلعه مانند که توسط مجودات غول پیکری به نام “Angels” به محاصره در اومده و...
کودو شینچی یک کارآگاه هفده ساله دبیرستانیه که مردم اونو شرلوک هلمز جدید میدونن. اگر چه اون یک شب بعد از ملاقاتی که با معشوقه ی دوران بچگیش ( ران ) داشت ، شاهد یه معامله غیر قانونی بود . توسط معامله کننده ها گیر افتاد و بیهوش و به او دارویی تززیق دادند که قرار بود اونو بکشتش … اما او بیدار شد و خودش رو یه پسر بچه هفت ساله دید . و برای این که کسی که باهاش این کارو کرده پیدا و دستگیر کنه هویت خودش رو رو مخفی کرد و با ران زندگی خودش رو شروع کرد . پدر ران یک کارآگاه بی عرضه است که توسط شینچی به یک مرد معروف و مشهور تبدیل میشه ولی ...