سياره اي مورد هجوم گروه اسرار آميزي از موجودات قرار ميگيرد که تمام حيات روي زمين را مبتلا و نابود ميکند.تنها تصميم يک زن براي يافتن راهي براي درمان است که از نابودي تدريجي دنيا جلوگيري خواهد کرد.اما کساني از تشکيلات داخلي هم هستند که بي صبرانه منتظر نتيجه هستند و براي پيروزي در اين جنگ هر کاري ميکنند....
داستان این انیمیشن از این قرار می باشد که یکی دیگر از آزمایش های علمی یک "کلون" می باشد که او می خواهد با قدرتی که با این تکنولوژی به دست می آور دنیا را نابود کرده و فرمانروای آن شود و در همین حین بار دیگر "Mewtwo" نقش اصلی این انیمیشن، از نقشه های شیطانی این کلون خبر دار شده و نقشه ای برای نابودی آن می کشد ...