بعد از گریختن از سیاره بیگانگان، سفینه ی «الن ریپلی» هم در آن است، در یک معدن سقوط می کند. ریپلی می فهمد که یک موجود بیگانه که بطور مخفیانه وارد سفینه شده، علت سقوط بوده است. این موجود بیگانه شروع به کشتن ساکنان معدن می کند، اما ریپلی نمی داند که دشمن اصلی او چیزی بیشتر از این موجود بیگانه است.
داستان فیلم در مورد یک کشتی فضایی به نام کاوننت است که در کهکشان دور ، در جستجوی یک سیاره‌ی بخصوص است. بعد از یافتن و رسیدن به این سیاره ، اعضای خدمه فکر می‌کنند که یک سرزمین کشف نشده را پیدا کرده‌‌اند. اما خبر ندارند آنجا یک دنیای تاریک و خطرناک است که تنها یک نفر به نام دیوید در آنجا زندگی می‌کند...
یک تیم مکتشف سرنخی از ریشه های انسان در زمین پیدا میکنن، که باعث میشه اونا رو به تاریک ترین گوشه و کنار جهان بکشونه و اونا مجبور میشن برای نجات آینده انسان جنگ های وحشتناکی در آنجا انجام بدن اما…
«ژنرال پرز» (هدايا)، فرمانده فضاپيماي «اوريگا»، باکمک هفت افسر دانشمند و چهل و دو خدمه در پي استفاده از «بيگانه» هاست. «الن ريپلي» (ويور) دويست سال پيش با فداکردن جان خود جلوي تکثير «بيگانه» ها را گرفته است، اما حالا در اوريگا از طريق نمونه هاي خوني که از او باقي مانده، شبيه سازي مي شود تا به يک «ملکه ي بيگانه» دست رسي پيدا کنند.
پنجاه سال از زمانی که «الن ریپلی» امتحانات سخت خود برای اثبات بی گناهی اش را داده می گذرد و سفینه ی نجات حامل وی، که او را در حالت خلسه در خود نگاه می داشت و به صورت سرگردان در فضا چرخان بود، دریافت می شود. بر روی کره زمین هیچ کس داستان وی در مورد وجود آدم فضایی در سیاره ی LV-426 را باور نمی کند. اداره ای که با نام «کمپانی» شناخته می شود، گروهی را مامور می کند تا به LV-426 بروند و صحت این مطالب را بررسی کنند. پس از مدتی تمامی ارتباطات با گروه فرستاده شده قطع می شود و Company اِلن ریپلی و گروهی از سربازان بسیار حرفه ای را برای بررسی و نجات گروه قبلی به LV-426 می فرستد.
سفينه ي «نوسترومو» براي انجام پژوهش هاي فضايي به کهکشان فرستاده و يکي از سرنشينان آن به نام «کين» (هرت) ناخواسته باعث ورود موجودي ناشناخته به درون سفينه مي شود. موجودي که خيلي سريع رشد مي کند و به نظر مي رسد هدفي جز کشتار و نابودي نداشته باشد..
