این انیمه شش ماه پس از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است ، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان هستند و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند داد صحبت می کنند.در همین حال، سیتو کایبی مامور میشود تا برای پیدا کردن "پازل هزار ساله" به "معبد زیرزمینی" رهسپار شود اما...
هنگامی که پیکاچو توسط میو بازیگوش به درخت آغازها برده می شود، آش کچام و دوستانش توسط لوکاریو، یک پوکمون آواره زمان که به دنبال پاسخی در مورد خیانت اربابش است، به درخت هدایت می شوند...
در زیر ماسه های مصر، آنوبیس، یک روح شیطانی باستانی، بیدار شده است. این به یوگی بستگی دارد که قرن ها پیش آنوبیس را شکست داد تا از مهارت و اراده خود برای خلاصی دوباره جهان از شر شر استفاده کند....
آساکورا يو يک شَمَن است ، بدين معنی که او ميتواند روح ها را ببيند و با آنها ارتباط برقرار کند . يـو ميکوشد تا يک شمن کينگ (شاهِ شمن) بشود که قوی ترين بين شمن هاست . کسانی که در اين راه به او کمک ميکنند ، پسری کوتاه قد که ميتواند روح ها و آمی داراموها (روح های نگهبان) رو ببيند ، روحِ سامورايی ای پير و همکار يـو هستند . هرچند ، در اين بين کسان ديگری هم به دنبال کسبِ لقب شمن کينگ اند.
سونیک و دوستانش، 7 سنگ هرج و مرج رو به دست آوردن و هنوز در حال نبرد با دکتر اِگمن هستند. اما به محض ورود به قصر اگمن، 7 سنگ به هم میپوندند و چیزی به نام کنترل هرج و مرج پدید میاد که سونیک و دوستانش رو توی خودش میبلعه و به زمان مکان دیگه ای پرتاب میکنه اونها به زمین پرتاب میشن و هر کدوم در جایی از جهان می افتند. سونیک با پسری به اسم کریستوفر آشنا میشه و سعی میکنه دوستهاش رو پیدا کنه...
این بار روح فرعون باستان از خواب هزار ساله بیدار شده و با کمک یوگی موتئُو و دوستانش با دشمنان خائن اش به مبارزه بر می خیزد و تمامی این نبرد ها به خاطر پازل قدرتمندیه که همه به دنبال بدست آوردن قدرت اون هستند این داستان بر اساس تم اصلی کار و بیشتر روی رابطه ی دوستی و بازیی کارت ها متمرکز شده.