داستان این فیلم مربوط به گروهی است که ماموریت حفاظت از یک تمدن قدیمی را به عهده گرفته است. تمدنی که به خاطر پیشرفت های بررسی نشده ، نابود گردید. از نظر آنان ، بازگشت به علمی که در تاریکی قرار گرفته ، باعث ایجاد تاریکی می گردد. به دنبال این هشدار ، سازمانی به نام " آرگام " تشکیل گردید تا از فناوری و آثار به جامانده از این تمدن پیشرفته محافظت کند. ماموران ویژه ای که در این سازمان خدمت می کنند ؛ با نام " اسپیرگان " شناخته میگردند.
این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود.
اوایل قرن 21 شهاب سنگی در قطب جنوب سقوط کرد وقتی دانشمندان برای تحقیق به محل حادثه اعزام شدند انفجار دیگری رخ داد که به “Second Impact” طبقه بندی شد. شینجی ایکاری پسری 14 ساله که برای دیدن پدرش به شهر Tokyo3 اومده شهری قلعه مانند که توسط مجودات غول پیکری به نام “Angels” به محاصره در اومده و...
لاکپشت غول پیکر پرنده "گمرا" قصد دارد از مردم ژاپن در برابر یک یک پرنده عظیم الجثه ماقبل تاریخ محافظت کند، اما دولت ژاپن نیت او را اشتباه تفسیر میکند و...
کینتارو اوئه، یک نابغه جوان است که به دنبال کسب دانش و تجربه در مورد زندگی، جهان و زنان است. او هر کاری را که می تواند انجام می دهد تا خود را ثابت کند، حتی اگر این کار به معنای انجام کارهایی باشد که از نظر اجتماعی غیرمعمول است. او در سفرهای خود با زنان مختلفی آشنا می شود، اما همیشه قبل از اینکه بتواند وارد یک رابطه جدی شود فرار می کند.
رالی وینسنت و مینی می هاپکینز، دو زن ماجراجو، به طور غیرقانونی یک مغازه اسلحهفروشی راه انداختهاند. آنها توسط بیل کالینز، مأمور ATF، باجگیری میشوند و مجبور به کار برای ATF میشوند. آنها در یک ماموریت پیچیده و خطرناک درگیر میشوند که از آنچه تصور میکردند، بسیار بزرگتر است.