کنشین هیمورا در برابر یک فروشنده اسلحه مرموز به نام انیشی یوکیشیرو که دنیای تبهکاران چین را کنترل می کند، قرار می گیرد. در این حین، راز "جوجیشو" کنشین هیمورا نیز فاش می شود و...
ماکوتو شیشو با کشتی مجهزش به سمت حکومت میجی در حال حرکت هست و قصد دارد دوباره هر و مرج را به ژاپن بازگرداند. حال ، کنشین هیمورا به منظور متوقف ساختن شیشو ، برای یادگیری تکنیک نهایی نزد استاد قدیمیش می رود و...
در سال 1868، بعد از اتمام جنگ باکوماتسو، مردی به نام «کنشین همورا» که سابقا یک آدمکش بوده است، در حالی که در ژاپن سرگردان است، قسم میخورد به کسانی که نیاز به کمک داشته باشند یاری برساند…
نبرد تُکوگاوا سال ها قبل به پایان رسیده. ولی هنوز عده ای وجود دارن که از نتیجه ی جنگ راضی نیستن. شیگوره تاکیمی کشته شدن دوست ها و خانواده ش رو در طول جنگ با چشمای خودش شاهد بود و حالا در حال جمع کردن یک گروه برای شورش علیه حکومته. تنها کسی که می تونه جلوی شیگوره رو بدون خونریزی بگیره کنشین هیمورا هستش اما...
گذشته کنشین به سراغش می آید و باعث خراب شدن رستوران "آکابکو" می شود، جایی که مکان مورد علاقه او برای غذا خوردن بود. در آنجا، او یادداشتی پیدا می کند که روی آن کلمه "Junchu" نوشته شده است...
هیمورا کنشین یک ولگرد با گذشته تاریک و خلق و خوی آفتابی است. نه یک رونین، بلکه یک رورونی، او هرگز یک سامورایی نبود، بلکه یک قاتل با نهایت مهارت در بازسازی میجی بود، که در نقطه عطف جنگ به سادگی کنار رفت. سفرهایش او را در یازدهمین سال از دوران میجی به توکیو میبرد، جایی که با یک استاد کندو زن، یک دزد سابق، یک جنگجو و یک دکتر که همه رازهای خودشان را دارند دوست میشود. آنها با هم با دشمنانی که از گذشته تاریکی ظاهر می شوند می جنگند و کنشین نمی تواند از آن فرار کند.