ابیس آخرین مکان کشف نشده در زمین است. موجودات عجیب و خارقالعاده در آن در رفت و آمدند، و پر از آثار مقدسی است که انسانهای کنونی نمیتوانند آنها را بازسازی کنند. آنهایی که جرئت میکنند تا اعماق را جستجو کنند به اسم مهاجمان غار شناخته میشوند. رویای دختر یتیمی بنام ریکو این است که مانند مادرش یک مهاجم غار شود و رمز و رازهای سیستم غار را حل کند...
در حدود یک سال در آکادمی میهاما حضور داشته است، یوجی کازامی به نظر می رسد جای خود را در مدرسه پیدا کرده است، اما ناگهان تصمیم می گیرد تا در CIRS ارتقاء پیدا کند. پس از مشورت با JB در مورد نیت خود، هر دو به طور کامل اسناد یوجی را بررسی کرده و رویدادهای بزرگ شدن او را برای تعیین اینکه آیا شغل برای او مناسب است یا خیر، تجزیه و تحلیل می کنند. در همین حال، بدون اطلاع دو نفر، دختران میهاما برخی از اسناد پاره شده در اتاق یوجی را کشف می کنند. پس از بازسازی کاغذها، آنها داستانی را که یوجی را به مردی که امروز هست تبدیل کرده است یا شاید شکسته است، کشف می کنند. با این حال، آنچه که فکر می شد تاریخ است، تاکنون او را تعقیب کرده است و زنجیرهای گذشته شروع به کشیدن او به سمت تاریکی می کند.
هیمورا کنشین یک ولگرد با گذشته تاریک و خلق و خوی آفتابی است. نه یک رونین، بلکه یک رورونی، او هرگز یک سامورایی نبود، بلکه یک قاتل با نهایت مهارت در بازسازی میجی بود، که در نقطه عطف جنگ به سادگی کنار رفت. سفرهایش او را در یازدهمین سال از دوران میجی به توکیو میبرد، جایی که با یک استاد کندو زن، یک دزد سابق، یک جنگجو و یک دکتر که همه رازهای خودشان را دارند دوست میشود. آنها با هم با دشمنانی که از گذشته تاریکی ظاهر می شوند می جنگند و کنشین نمی تواند از آن فرار کند.
سالهاست که رابطه کیوسوکه با خواهر کوچکترش کیرینو سرد و بیروح شده و فقط به سلام و احوالپرسی ختم میشود. اما روزی، کیوسوکه یک دیویدی انیمه موئه را در راهروی ورودی خانه پیدا میکند. کنجکاویش گل میکند و به دنبال صاحب آن میگردد، اما متوجه میشود که متعلق به کیرینو است. او شوکه میشود، اما غافلگیریهای بیشتری در انتظار اوست...
کویوری تسوموجیکازه، دختری شیفته پینگ پنگ، به تازگی به مدرسه راهنمایی سوزومه گاهارا منتقل شده است. او در کنار همکلاسیهایش که در آرزوی قهرمانی ملی در این رشته ورزشی هستند، گام در مسیری پرفراز و نشیب میگذارد تا شاید بادی از تغییر را به این مدرسه بوزد.
پادشاهی متالیکانا از سوی چهار لرد آشوب تحت حمله واقع شده. هیچ چیز نمی تونه جلوی گروه شرور – استاد نینجا گارا، ملکه تندر مرگبار نی آرشس، کال-سو سرد و محاسبه گر و کاهن تاریکی مرموز ابیگیل رو از رسیدن به اهدافشون بگیره، حتی اگر که با بیدارشدن اونها همه چیز نابود بشه. کاهن اعظم گئو ناامیدانه می خواد به پادشاهی و مردمش کمک کنه. او جادوگر قدرتمند اشنایدر تاریک، مردی رو که زمانی متحد این گروه شرور بود رو به سمتشون می فرسته. متاسفانه اشنایدر تاریک نقشه های خودشو داره. آیا او جلوی چهار لرد آشوب رو میگیره یا به اونا ملحق میشه تا دنیا رو فتح کنن؟
انیمه داستان ماریا را دنبال می کند که قوی ترین جادوگر در طول جنگ صد ساله در فرانسه است. او از جنگ نفرت دارد و با قدرت های جادویی قوی خود، نبردها را مختل می کند. دخالت او با آرتمیس ساکوبوس و پریاپوس اینکوبوس، توجه آسمان ها را به خود جلب کرده است و بنابراین فرشته میکائیل یک فرمان صادر می کند. هنگامی که ماریا بکارت خود را از دست می دهد، قدرت های جادویی او نیز از بین می رود. فرشته زیبایی به نام حزقیال قرار است ماریا را تماشا کند و مطمئن شود که جادوگر در مقابل مردم از جادو استفاده نمی کند، اما ماریا به هر حال از جادو استفاده می کند.
داستان بلافاصله بعد از ماجرا های Grisaia no Meikyuu اتفاق می افتد که کازامی یوجی مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی شده که توسط هیثاسلو رهبری می شود و این سازمان توانسته با سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناکی وارد مرز های ژاپن بشود. در همین حین در آکادمی میهاما باقی دانش آموزان بخاطر مشکلات اقتصادی پیش آمده برای مدرسشان ، وقت زیادی تا تعطیل شدن مدرسه ندارند. طی یک سال گذشته به لطف دخالت های یوجی ، دختر های میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند ، اما آنها سر خود را پایین خواهند انداخت و بدون توجه به اطرافشان اجازه می دهند دنیا تغییر کند؟ درهمین حال که پایان کارشان در آکادمی میهاما نزدیک می شود، آمانه ، ماکینا ،ساچی ، یومیکو و میچیر و همگی به یک نتیجه می رسند.
آکادمی میهاما یک مدرسه شبیه به زندان است. خانه ای برای پنج دانش آموز دختر که هر کدام دلایل خود را دارند. یک روز، یوجی اولین دانش آموز پسر مؤسسه وارد میشود و ریتم منظم میهاما را بهم می ریزد.
کاتسوروگی کیما دانش آموز سال دوم دبیرستانی، یک بازیکن حرفه ای در بازی های شبیه ساز قرار ملاقاته (دیت سیمولاتور) و هیچ دختر 2 بعدی نیست که اون نتواند قلبش را تسخیر کنه و در اینتزنت به نام خدای تسخیر شناخته می شود. اون اتفاقاتی با جنی به نام السی قرارداد می بندد. السی که فکر می کرده کیما متخصص تسخیر قلب دخترهای واقعیه، از اون می خواهد که در گرفتن ارواح خبیسه که توی حفره خالی قلب دخترها پنهان می شوند کمکش کند. با عاشق شدن این دخترها می شود این ارواح را از قلبشان خارج کرد. اما مشخص می شود که السی اشتباه کرده و کیما هیچ تخصصی در نزدیک شدن به دخترهای واقعی ندارد. اما قرارداد بسته شده فسخ نمی شود مگر با مرگ دو طرف قرارداد...و حالا کیما برای نجات جون خودش و السی باید قلب دخترهای واقعی را تسخیر کند. اما این کار برای کسی که اعتقاد دارد "واقعیت یک بازی مزخرف است"، غیر ممکن به نظر می رسد...