پس از جنگ ، دختر جوانی که از آن به عنوان ابزاری برای جنگ استفاده می شد ، یاد می گیرد که چگونه درست زندگی کند. با زخم های سوختگی ، او به گذشته خود باز می گردد تا احساسات واقعی خود را نسبت به سرگرد کشف کند ...
فصل پاییز است و شهر نئو ونزیا پوشیده از برگهای افتاده است. چیزی آنیا را که در سیاره نارنجی (Orange Planet) کار می کند ، آزار می دهد. همکاران ارشد او آلیس و آتنا به دلیل مشغله زیاد یکدیگر را ندیده اند ، که باعث می شود آتنا ناراحت شود. اما به دلایلی ، به نظر می رسد که آلیس به طور کلی از او اجتناب می کند. آنیا با کمک دوستانش آی و آزوسا سعی می کند راهی قطعی برای دور هم جمع شدن آلیس و آتنا بیابد. اما در این مدت ، آنیا از موقعیتی مطلع می شود که فقط او می تواند به دلیل موقعیتی که دارد ، ببیند.
در حدود یک سال در آکادمی میهاما حضور داشته است، یوجی کازامی به نظر می رسد جای خود را در مدرسه پیدا کرده است، اما ناگهان تصمیم می گیرد تا در CIRS ارتقاء پیدا کند. پس از مشورت با JB در مورد نیت خود، هر دو به طور کامل اسناد یوجی را بررسی کرده و رویدادهای بزرگ شدن او را برای تعیین اینکه آیا شغل برای او مناسب است یا خیر، تجزیه و تحلیل می کنند. در همین حال، بدون اطلاع دو نفر، دختران میهاما برخی از اسناد پاره شده در اتاق یوجی را کشف می کنند. پس از بازسازی کاغذها، آنها داستانی را که یوجی را به مردی که امروز هست تبدیل کرده است یا شاید شکسته است، کشف می کنند. با این حال، آنچه که فکر می شد تاریخ است، تاکنون او را تعقیب کرده است و زنجیرهای گذشته شروع به کشیدن او به سمت تاریکی می کند.
پس از فارغ التحصیلی از دبیرستان، داستان کویومی آراراگی به پایان رسید. این بار واقعاً تمام شد. با این حال ماجرای دخترانی که توسط آرارگی نجات یافتند تمام نشد. این یک پیش درآمد یا شاید دنباله ای برای مبارزات آنها در دوران جوانی است.
نادشیکو، دانش آموز دبیرستانی که از شیزوئوکا به یاماناشی نقل مکان کرده بود، تصمیم می گیرد کوه فوجی معروف با اسکناس 1000 ین را ببیند. حتی با وجود اینکه او موفق می شود تا موتوسو دوچرخه سواری کند، به دلیل بدتر شدن آب و هوا مجبور می شود به عقب برگردد. او که نمی تواند چشمش به هدفش باشد، در قسمتی از راه به سمت مقصدش غش می کند. وقتی از خواب بیدار می شود، شب است، در مکانی که قبلاً نرفته بود، بدون اینکه بداند چگونه به خانه برود. نادشیکو هنگامی که با رین، دختری که خودش در حال کمپینگ است، روبرو می شود، نجات می یابد. این داستان دختران در فضای باز با اولین برخورد نادشیکو و رین آغاز می شود.
در گذشته نینجاهایی وجود داشتند که برای انجام ماموریت های جاسوسی، خرابکاری، یا قتل به خدمت قدرتمندان درآمده بودند. امروزه با گذشت زمان، نینجاها همچنان مورد نیاز هستند. در یک مدرسه خصوصی، دختران نامحسوس به سوی نینجابودن پیش می روند. آسوکا، کاتسوراگی، هیباری، ایکاروگا و یاگیو دختران نینجایی در حال تحصیل هستند که هر یک از آنها چرخ فلک تکنیک مخفی خود را در برابر دشمنان حفظ می کنند. این داستان زندگی پر فراز و نشیب مدرسه ای آنها را در راه نينجا بودن روایت می کند!
داستان بلافاصله بعد از ماجرا های Grisaia no Meikyuu اتفاق می افتد که کازامی یوجی مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی شده که توسط هیثاسلو رهبری می شود و این سازمان توانسته با سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناکی وارد مرز های ژاپن بشود. در همین حین در آکادمی میهاما باقی دانش آموزان بخاطر مشکلات اقتصادی پیش آمده برای مدرسشان ، وقت زیادی تا تعطیل شدن مدرسه ندارند. طی یک سال گذشته به لطف دخالت های یوجی ، دختر های میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند ، اما آنها سر خود را پایین خواهند انداخت و بدون توجه به اطرافشان اجازه می دهند دنیا تغییر کند؟ درهمین حال که پایان کارشان در آکادمی میهاما نزدیک می شود، آمانه ، ماکینا ،ساچی ، یومیکو و میچیر و همگی به یک نتیجه می رسند.
آکادمی میهاما یک مدرسه شبیه به زندان است. خانه ای برای پنج دانش آموز دختر که هر کدام دلایل خود را دارند. یک روز، یوجی اولین دانش آموز پسر مؤسسه وارد میشود و ریتم منظم میهاما را بهم می ریزد.
یوکی ریتو (Yuuki Rito) یک پسر دبیرستانی است که نمیتواند عشق خود را به دختر رویاهایش هارونا سایرنجی (Sairenji Haruna) اعتراف کند. یک روز یک دختر ناگهان جلوی او ظاهر میشود. نام او لالا (Lala) است و از سیاره دویلوک (Deviluke) آمده است و او جانشین پادشاه آن سیاره است. پدرش میخواهد که او برگردد تا بتواند با یکی از خواستگارهایش ازدواج کند، اما او تصمیم میگیرد که با ریتو ازدواج کند تا بتواند روی زمین بماند.