یک کامیون که حامل تانکری است در حال عبور از بزرگراه مورد حمله هلیکوپتری ناشناس قرار می گیرد و تانکر آن منفجر میشود. غافل از اینکه داخل آن تانکر پر از نوعی ویروس بسیار مهلک بوده. حالا این ویروس در تمام سطح شهر پخش شده و جان افراد را تهدید می کند. دولت برای خرابکاری که عامل این فاجعه است جایزه ای تعیین می کند، و یک جایزه بگیر بنام «بیباپ» برای گرفتن آن دست به کار می شود...
انیمیشن مربوط به شهر توکیو و سال ۱۹۹۹ میشود. یک خودکشی مرموز در شهر رخ داده است و رباتها نیز از کنترل خارج شدهاند. در این بین دو مامور پلیس، عضو گروه ویژه شماره ۲، وظیفه دارند تا با استفاده از سرنخهای بدست آمده جلوی ویرانیها را بگیرند…
کودو شینچی یک کارآگاه هفده ساله دبیرستانیه که مردم اونو شرلوک هلمز جدید میدونن. اگر چه اون یک شب بعد از ملاقاتی که با معشوقه ی دوران بچگیش ( ران ) داشت ، شاهد یه معامله غیر قانونی بود . توسط معامله کننده ها گیر افتاد و بیهوش و به او دارویی تززیق دادند که قرار بود اونو بکشتش … اما او بیدار شد و خودش رو یه پسر بچه هفت ساله دید . و برای این که کسی که باهاش این کارو کرده پیدا و دستگیر کنه هویت خودش رو رو مخفی کرد و با ران زندگی خودش رو شروع کرد . پدر ران یک کارآگاه بی عرضه است که توسط شینچی به یک مرد معروف و مشهور تبدیل میشه ولی ...
مردم توکیو که به ظاهر هیچ ارتباطی با یکدیگر ندارند، توسط پسری با چوب بیسبال طلایی مورد ضرب و شتم قرار میگیرند. کارآگاهان در تلاش برای یافتن ارتباطی بین قربانیان، متوجه میشوند که زندگی قربانیان پس از ضرب و شتم، به نوعی بهبود یافته است.
تاکاشی کامیاما دانش آموز دبیرستانی عادیه - باادب، گوشه گیر و آروم با IQ یکم بیشتر از میانگین. ولی همچین دانش آموزی به مدرسه ی بدنام کرومارتی میره که به عنوان زمین سخت ترین مجرم ها شناخته میشه؟ ظاهرا تاکاشی همین کار رو میکنه، ولی دلیلی داره که ترجیح میده به کسی نگه. با این حال یچیزی قطعیه و اونم اینه که خرگوشی که وسط یه مشت شیر گرسنه افتاده باشه هیچوقت نمیتونه یه روز آروم دیگه رو بگذرونه.
چهارده سال پس از شکست دادن مبارز افسانه ای هیمورا گنما و برملا کردن نقشه هی شوم شوگان ، شخصی به اسم کیباگامی جوبی به عنوان شمشیر زنی شکست ناپذیر در سرتاسر ژاپن پرسه میزند. در میان ماجراجویی خود در ژاپن به یک کشیش به اسم شوگی آشنا میشود که تاکنون جایی جز روستای خود را ندیده است و از دنیا بیرون بی خبر است. اما پس اینکه شیاطین روستایش را غارت میکنند و تمام اهالی آنجارا میکشند جوبی به هدف اصلی آنها تبدیل میشود زیرا سنگ اژدها که بسیار اسرار آمیز است را بدست آورده است. حال دو قبلیه ی شیطانی میخواهند شیگوره را اسیر کنند و بار دیگر داکویان باید از کشیش نور مواظبت کند …