پرونده مامور گمشده اف‌بی‌ای باعث می‌شود فاکس مادلر و دانا اسکالی دوباره عملیات قبلی‌شان را پیگیری کرده و این راز را حل کنند. همکار آن‌ها در این پرونده کشیشی است که ذهنیات ماورایی او آن‌ها را به اولین نشانه‌ها راهنمایی می‌کند.
پانزده هزار سال پيش از ميلاد مسيح: موجودي عجيب و ناشناخته به يک غارنشين حمله مي کند. دوران معاصر: پسر بچه اي در همان نقطه در شمال تکزاس به چاهي سقوط مي کند و به ماده اي سياه رنگ آغشته مي شود. مأموران ويژه ي FBI، «فاکس مالدر» (دوشوني) و «دينا اسکالي» (آندرسن)، پس از آگاهي از لاپوشاني مرگ پسر بچه به تحقيق در اين باره مي پردازند...
