فرودو و سم با راهنمایی گالوم، به مسیرشان به سمت کوه نابودی ادامه میدهند، در حالی که مطمئن نیستند او به چه سمتی هدایتشان می کند. باقیمانده یاران حلقه، مردم گاندور و روهان را در نبردی عظیم علیه نیروهای سائورون، یاری می کنند.

 ینیروهای سائورون رو به افزایشند و او متحدهای جدیدی بدست آورده است. ارتش سارومان اکنون آماده حمله به آراگورن و مردم روهان هست. از طرفی دیگر یاران حلقه از هم پاشیده‌اند و فرودو و سم با امید اندکی که باقی مانده به سمت موردور می روند. متحدان جدیدی به آراگورن، و مری و پی‌پین پیوسته‌اند، و آن‌ها باید از روهان دفاع کرده و بر آیزنگارد بتازند. در همین حال سائورون در حال پایه‌ریزی یک حمله بزرگ به گاندور است، و جنگ حلقه در حال آغاز می باشد.

 یک حلقه‌ی باستانی که قرن‌ها پیش گم گشته بود، حالا دوباره پیدا شده و از دست تقدیر، به هابیتی جوان بنام فرودو رسیده است. وقتی که گندالف می فهمد که این حلقه، همان حلقه یگانه ارباب تاریکی، سائورون است، فرودو مجبور می شود این حلقه را به کوه نابودی برده و آن را از بین ببرد. با این وجود او تنها نمی رود و در این راه هشت یار دیگر به او در انجام ماموریتش کمک می کنند. یاران حلقه باید از میان کوه‌ها، جنگل‌ها، برف و بوران و تاریکی عبور کنند و با نیروهای شرور تاریکی در میان راهشان مقابله کنند. موفقیت آن‌ها در این ماموریت سخت، تنها امید برای خاتمه دادن به دوران حکومت ارباب تاریکی است.

داستان انیمیشن ارباب حلقه‌ها برگرفته از رمانی معروف به همین نام، نوشته جان رونالد روئل تالکین "John Ronald Reuel Tolkien" ، نویسنده معروف بریتانیایی، می‌باشد. یاران حلقه با هم متحد شده و سفری را برای نابودی حلقه آغاز می کنند، تا سرزمین میانه را از چنگال سارون نجات دهند…

داستان فیلم به وقایع و چگونگی زندگی آراتورن، پدر آراگورن (ارباب حلقه‌ها) و به نبردهای پراکنده او در غرب سرزمین میانه با اورک ها می پردازد...