گروهی از دوستان که هر کدام یک دیجیمون همراه دارند، باید با مسئولیتهای جدیدی که بر عهدهشان گذاشته شده است، کنار بیایند. در این میان، فردی ادعا میکند که اولین انسانی است که با یک دیجیمون شریک شده است و این ادعا ماجرایی جدید را برای آنها رقم میزند.
"میکی مون" پس از مبارزه ، یک بیماری مُسری گرفته و از دیده همه گان ناپدید می شود ، "آگامون" به همراه مابقیِ دیجیمون ها نیز سعی در جلوگیری از شیوع این بیماری دارند اما...
گروه دیجیدستیند به یک شهر بازی میروند و به همگی خوش میگذرد، ولی جو با آنها نمیآید چون میخواهد برای امتحاناتش درس بخواند. یک دیجیمون مسموم دیگر، اوگرمون، به اودیبا حمله میکند. گومامون از خانه فرار میکند در حالی که میمی با گروه دیجیدستیند و همکلاسیهایش به خاطر ایدههای خودخواهانهاش روبرو میشود. آیا جو پیش از آنکه دیر شود مسئولیتهایش را قبول میکند؟
گروه دیجیدستیند به یک شهر بازی میروند و به همگی خوش میگذرد، ولی جو با آنها نمیآید چون میخواهد برای امتحاناتش درس بخواند. یک دیجیمون مسموم دیگر، اوگرمون، به اودیبا حمله میکند. گومامون از خانه فرار میکند در حالی که میمی با گروه دیجیدستیند و همکلاسیهایش به خاطر ایدههای خودخواهانهاش روبرو میشود. آیا جو پیش از آنکه دیر شود مسئولیتهایش را قبول میکند؟ . . .
پس از اتفاقات فیلم دوم کارتکپتر ساکورا: کارت مهربانی، کرو و اسپینل یک سینی تاکویاکی (غذای درست شده از هشتپای دریایی) را با هم میخورند. وقتی فقط یک قطعه باقی مانده، با هم به جر و بحث میافتند و در حین دعوایشان، آخرین قطعه را از پنجره بیرون میاندازند. آنها هر دو دنبال تاکویاکی و همدیگر میدوند و با تمام قوا سعی میکنند «فاتح تاکویاکی» بشوند.
سال 2010 است ، بیش از ده سال از تابستانی که تایچی با آگومون و دیگران ملاقات کرد میگذرد. وجود دیجیمون ها به تدریج در سراسر جهان پذیرفته شده است. در طول همه اینها ، حوادث خاصی برای DigiDestined در سراسر جهان اتفاق می افتد که ناشی از دیجیمونی به نام Eosmon است. اما در طول نبرد با ائوسمون ، گروه تایچی به یک حقیقت تکان دهنده پی می برند: هنگامی که یک DigiDestined (بچه ها) بزرگسال می شود ، Digimon شریک زندگی او دیگر وجود نخواهد داشت ... تهدید ناشی از Eosmon به تدریج گسترش می یابد و بر دوستان تایچی نیز تأثیر می گذارد. اگر نبرد نمی تواند دوستانش را نجات دهد اما جنگیدن به این معنی است که خیلی زودتر باید از شریک زندگی خود خداحافظی کند. آیا او جنگ خواهد کرد ، حتی اگر این به معنای از دست دادن محبوب ترین شخص برای او باشد؟
این انیمه که در سال ۲۰۲۰ اتفاق خواهد افتاد، شامل داستانهای کاملا جدیدی حول محور «تایچی یاگامی»، وقتی که در سال پنجم دورهی راهنمایی میباشد، است. همکارش هم «آگومون» است. داستان در توکیو و زمانی که اشکالی با مقیاس بزرگ در عملکرد شبکه رخ میدهد، شروع میشود. زمانی که این حادثه اتفاق میافتد، تایچی درحال آماده کردن خودش برای کمپ زدن در تعطیلات آخر هفتهی تابستانی است. مادر و خواهر کوچکتر تایچی، «هیکاری»، در قطاری که از کنترل خارج شده است گیر میکنند و تایچی برای کمک کردن به آنها به سمت شیبویا راه میافتد. با این حال در راهش به سمت شیبویا با پدیدهی عجیبی روبهرو میشود و راهش به سمت «دیجیتال ورلد» همراه با «دیجی دستیند»های دیگر، تغییر میکند.