«پيتر پارکر» (مگواير) هنوز براي روزنامه ي «ديلي باگل» کار مي کند و هنوز آماده است تا در هيئت «اسپايدر من» به کمک مردم بشتابد. تا اين که يک توده ي سياه رنگ ماوراي زميني خود را به بدن او مي چسباند و «پيتر» را متوجه نيمه ي تاريک وجودش مي کند. به اين ترتيب يک «اسپايدر من» خشن و بي رحم پا به عرصه مي گذارد...
«پیتر پارکر» به زندگی معمولی خودش ادامه می دهد تا اینکه یک کمپانی مرموز به نام «اوسکورپ» افرادی را با قدرت های خارق العاده برای مقابله با پیتر می فرستد...
این فیلم که روایت متفاوتی از داستان مرد عنکبوتی است، «پیتر پارکر» ( اندرو گارفیلد ) مدارکی را بدست می آورد که ممکن است به کمک آن ها بتواند دریابد که پدر و مادرش چگونه در زمان کودکی او ناپدید شده اند. او در همین راه با دکتر «کرت کانرز»، که شریک سابق پدرش بوده، آشنا می شود...
«پيتر پارکر» (مگواير) خود را از فعاليت هاي نجات بخش کنار کشيده و با زحمت درسش را در دانشگاه کلمبيا ادامه مي دهد و کما کان به عنوان عکاسي نيمه وقت براي روزنامه ي «ديلي با گل» کار مي کند. تا اين که ناچار مي شود براي مقابله با تهديدات دانشمند ديوانه اي به نام «دکتر اکتاويوس» (مولينا) وارد عمل شود...
یک نوجوان دبیرستانی خجالتی و ترسو بعد از اینکه توسط یک عنکبوت جهش یافته گزیده میشود، خصوصیاتی همانند عنکبوت ها در بدن خود مشاهده می کند. بعد از حادثه غم انگیزی که برای خانواده اش رخ می دهد، او تصمیم می گیرد از این توانایی های منحصر به فردش، همانند قهرمانها در مقابل انسان های شرور استفاده کند.
