گروهی از دوستان که هر کدام یک دیجیمون همراه دارند، باید با مسئولیتهای جدیدی که بر عهدهشان گذاشته شده است، کنار بیایند. در این میان، فردی ادعا میکند که اولین انسانی است که با یک دیجیمون شریک شده است و این ادعا ماجرایی جدید را برای آنها رقم میزند.
"میکی مون" پس از مبارزه ، یک بیماری مُسری گرفته و از دیده همه گان ناپدید می شود ، "آگامون" به همراه مابقیِ دیجیمون ها نیز سعی در جلوگیری از شیوع این بیماری دارند اما...
گروه دیجیدستیند به یک شهر بازی میروند و به همگی خوش میگذرد، ولی جو با آنها نمیآید چون میخواهد برای امتحاناتش درس بخواند. یک دیجیمون مسموم دیگر، اوگرمون، به اودیبا حمله میکند. گومامون از خانه فرار میکند در حالی که میمی با گروه دیجیدستیند و همکلاسیهایش به خاطر ایدههای خودخواهانهاش روبرو میشود. آیا جو پیش از آنکه دیر شود مسئولیتهایش را قبول میکند؟
سال 2010 است ، بیش از ده سال از تابستانی که تایچی با آگومون و دیگران ملاقات کرد میگذرد. وجود دیجیمون ها به تدریج در سراسر جهان پذیرفته شده است. در طول همه اینها ، حوادث خاصی برای DigiDestined در سراسر جهان اتفاق می افتد که ناشی از دیجیمونی به نام Eosmon است. اما در طول نبرد با ائوسمون ، گروه تایچی به یک حقیقت تکان دهنده پی می برند: هنگامی که یک DigiDestined (بچه ها) بزرگسال می شود ، Digimon شریک زندگی او دیگر وجود نخواهد داشت ... تهدید ناشی از Eosmon به تدریج گسترش می یابد و بر دوستان تایچی نیز تأثیر می گذارد. اگر نبرد نمی تواند دوستانش را نجات دهد اما جنگیدن به این معنی است که خیلی زودتر باید از شریک زندگی خود خداحافظی کند. آیا او جنگ خواهد کرد ، حتی اگر این به معنای از دست دادن محبوب ترین شخص برای او باشد؟
در سال ۲۰۵۰، انسانها با دستگاههای هوشمند تخممرغیشکل به نام Sapotama زندگی میکنند که از انرژی احساسی آنها تغذیه میکنند. اما این انرژی، Digimonهایی را خلق میکند که میتوانند تکامل یابند و خطرناک شوند. Tomoro Tenma با Digimon خود، Gekkomon، به گروه شکارچیان Glowing Dawn میپیوندد تا با تهدیدات دیجیتالی مقابله کند. این سریال با فضایی آیندهنگر، داستانی تاریک و اکشنمحور را ارائه میدهد.
تاکویا، کوجی، ایزومی، جونپی و توموکی در قطاری با هم آشنا میشن که آنها را به دنیای دیجیتال میبره، جایی که جنگی علیه نیروهای شر در جریانه. چروبیمون، یکی از سه فرشتهای که برای نجات دنیا از لوکمون قدرتطلب فرستاده شده بود، به سمت تاریکی رفته و دنیای دیجیتال رو به خطر انداخته. این پنج کودک برگزیده باید برای پیروزی در این نبرد بزرگ، روح افسانهای (دنستسو نو اسپریت) رو پیدا کنن.
جهانهای دیگری هم وجود دارن؛ جهانهای دیجیتال و ارگانیک، جاهایی که رویاهامون رنگ واقعیت میگیرن. داستان دیجیمون تِیمرز تو زمینی روایت میشه که دیجیمون یه نماد رسانهایه. بازیهای کارتی و برنامههای تلویزیونی، همشون دیجیمونن، یا حداقل مردم اینجور فکر میکنن. یه سازمان مخفی دولتی دنیایی دیگه کشف کرده که موجودات دیجیتالش دارن وارد دنیای ما میشن. دیجیمونها تو ژاپن دارن آشوب به پا میکنن و سه بچه که شریکهای دیجیمون دارن، سعی دارن جلوی این خرابکاریها رو بگیرن و تو این راه، درسهای ارزشمندی یاد میگیرن.