دانشآموزان دبیرستان آکادمی هوشو سوار بر هواپیما بودند که در شرایطی مرموز سقوط کرد. قهرمان، اوریبه موتسومی و همکلاسی هایش در یک جزیره به ساحل می روند. مسافران زندهمانده تصمیم میگیرند منتظر آمدن کمک باشند، اما معلوم میشود که جزیره توسط حشرات غول پیکر زندگی میکند. موتسومی در یک ساحل از خواب بیدار می شود و همکلاسی خود ماتسئو آیومی را می یابد.
میرا (MIRU)، یه ربات بدون سلاح که تو یه آینده خیلی دور به دنیا اومده، تو زمان سفر میکنه تا به آدمای دورههای مختلف کمک کنه. میرا با آدمای جورواجور از زمانها و مکانهای مختلف روبهرو میشه، آدمایی که با وجود مشکلاتشون، با اراده زندگی میکنن. از طریق دیدار با میرا، این آدما قدمهای کوچیک ولی مهمی به جلو برمیدارن. این قدمها، مثل «اثر پروانهای»، موجهای تغییر درست میکنن و به سمت یه آینده بهتر پیش میرن.
وقتی در مستعمره فضایی خود یک مکا (ربات) جنگنده پیشرفته را پیدا می کنند، یک پسر جوان و دوستانش به عنوان خدمه یک کشتی قوی در جنگ بین سیاره ای دخالت می کنند.
در سال ۷۳ میلادی و دو سال پس از پایان جنگ بین زافت و ائتلاف زمین که در گاندام سید رخ داد، گروه ویژهای از ائتلاف زمین به نام فانتوم پین سه موبایل سوت پیشرفته را در حین گفتوگوی نماینده ارب، کاگالی یولا آتا و رئیس جدید زافت، گیلبرت دوراندال در پایگاه مهمات زافت میدزدند. شروع تعقیب و گریز این گروه از نژادهای توسعهیافته توسط شین آسوکا، پناهنده ارب و همراهانش، آثرون زالا و خدمه کشتی مینروا به وقایع فاجعهبار منجر میشود که باعث شروع جنگ جدیدی میشود.
در آکادمی سنت میخائیلوف، اوریبه مافیو با پسری نقره ای به نام الکساندر آشنا می شود. او یک قواسر است، موجودی که می تواند آهن را دستکاری کند و قدرت خود را از شیر مادر می گیرد. رمز و راز پیرامون یک نماد، آکادمی را به محیطی برای درگیری بین Qwaser های مختلف تبدیل می کند.