داستان این انیمیشن از این قرار می باشد که یکی دیگر از آزمایش های علمی یک "کلون" می باشد که او می خواهد با قدرتی که با این تکنولوژی به دست می آور دنیا را نابود کرده و فرمانروای آن شود و در همین حین بار دیگر "Mewtwo" نقش اصلی این انیمیشن، از نقشه های شیطانی این کلون خبر دار شده و نقشه ای برای نابودی آن می کشد ...
انیمیشن دارای شخصیت های اصلی متعدد و متنوعی می باشد و داستان مردمان شهر «فورا» را به تصویرمیکشد. شهروندان این شهر هر ساله جشنواره باد را جشن میگیرند از زمانهای بسیار دور که یک پوکمون افسانهای به آنجا آمده بود و باد را به آنها بخشیده بود...
کودو شینچی یک کارآگاه هفده ساله دبیرستانیه که مردم اونو شرلوک هلمز جدید میدونن. اگر چه اون یک شب بعد از ملاقاتی که با معشوقه ی دوران بچگیش ( ران ) داشت ، شاهد یه معامله غیر قانونی بود . توسط معامله کننده ها گیر افتاد و بیهوش و به او دارویی تززیق دادند که قرار بود اونو بکشتش … اما او بیدار شد و خودش رو یه پسر بچه هفت ساله دید . و برای این که کسی که باهاش این کارو کرده پیدا و دستگیر کنه هویت خودش رو رو مخفی کرد و با ران زندگی خودش رو شروع کرد . پدر ران یک کارآگاه بی عرضه است که توسط شینچی به یک مرد معروف و مشهور تبدیل میشه ولی ...
در سال 0153، امپراتوری زانسک بر مستعمرات فضایی ساید 2 حاکم شده و با خشونت بیرحمانه، به خصوص استفاده از گیوتین، بر مردم حکومت میکند. این امپراتوری قدرتمند، با حمله به زمین و تهدید سایر مستعمرات فضایی، به دنبال گسترش قلمرو خود است. در این شرایط بحرانی، تنها نیرویی که در مقابل زانسک ایستادگی میکند، لیگ میلیتار است که با استفاده از رباتهای جنگجوی پیشرفته و خلبانان جوان و شجاع، به مبارزه با این امپراتوری ظالم میپردازد. اوسو ایوین، پسری سیزده ساله، به طور اتفاقی وارد این جنگ میشود. او که به عنوان خلبان یک ربات جنگی بسیار قدرتمند به نام گاندام پیروزی انتخاب شده، برای نجات سیاره و یافتن والدین گمشدهاش که سالها پیش او را ترک کردهاند، میجنگد.
چهارده سال پس از شکست دادن مبارز افسانه ای هیمورا گنما و برملا کردن نقشه هی شوم شوگان ، شخصی به اسم کیباگامی جوبی به عنوان شمشیر زنی شکست ناپذیر در سرتاسر ژاپن پرسه میزند. در میان ماجراجویی خود در ژاپن به یک کشیش به اسم شوگی آشنا میشود که تاکنون جایی جز روستای خود را ندیده است و از دنیا بیرون بی خبر است. اما پس اینکه شیاطین روستایش را غارت میکنند و تمام اهالی آنجارا میکشند جوبی به هدف اصلی آنها تبدیل میشود زیرا سنگ اژدها که بسیار اسرار آمیز است را بدست آورده است. حال دو قبلیه ی شیطانی میخواهند شیگوره را اسیر کنند و بار دیگر داکویان باید از کشیش نور مواظبت کند …