داستان این فیلم درباره مادر جوانی است که بعد از حمله‌ی یک موجود بیگانه به زمین، تلاش میکند تا دو فرزند خود را از طریق رودخانه به پناهگاه امنی برساند. این مادر به فرزندان خود آموخته تا برای آگاهی از خطرات، از گوش‌های خود به خوبی استفاده کنند؛ او چشمان خود و بچه‌هایش را با چشم‌بندهایی بسته است. ماجراهای فیلم جعبه پرنده براساس رمانی به همین نام و به نوشته‌ی جاش مالرمن، ساخته شده است. داستان این فیلم در آینده‌ای نزدیک رخ می‌دهد.
هنگامی که دختر "ماری گیلبرت" ناپدید شد، کم کاری پلیس باعث شد "ماری" تحقیقات خود را شروع کند و او را به آخرین جایی که دخترش "شانان" در آنجا دیده شده، بکشد ...
پس از وقوع یک سانحه و از دست دادن حافظه‌اش، الکس لوئیس به برادر دوقلوی خود، مارکوس، اتکا میکند تا او را از گذشته‌اش آگاه کند. اما در این میان، پرده از رازی هولناک از دوران کودکی‌شان که مارکوس پنهان کرده بود، برداشته می‌شود.
