داستان این فیلم درباره دختری سایبورگ تحت عنوان آلیتا است که در دنیای پسا-رستاخیزی زندگی می‌کند و به طور کامل حافظه خود را از دست داده است. دکتر سایبرنتیک او را در توده‌ای زباله پیدا کرده و پس از بازسازی وظیفه مراقبت از وی را برعهده می‌گیرد. وی تنها سایبورگ افسانه‌ای هنرهای رزمی پانزر کونست را به خاطر دارد و همین موضوع باعث میشود که به شکارچی جایزه‌بگیر تبدیل شود و...
بعد از حادثه ای که با هیت اسلو رخ داد، وجود یک سازمان ضد تروریستی ژاپنی-آمریکایی به نام CIRS اکنون به طور عمومی شناخته شده است. CIRS از ابتدا بازسازی شده و ویژگی های پنهان تر آن به یک آژانس جدید به نام SORD (عملیات اجتماعی، تحقیق و توسعه) منتقل شده است. هدف اصلی SORD آموزش نسل جدید جاسوسان برای محافظت از کشور در برابر تهدیدات آینده است. برای رسیدن به این هدف، سازمان در سراسر کشور مدارس زیادی را ساخته است. مدرسه میهاما گاکوئن که به دلیل بسته شدن ناگهانی تعطیل شده بود، تبدیل به یک مدرسه آموزش تخصصی شده است. به همین دلیل، این آکادمی جدید میهاما گروه های مختلف دانش آموزان را که هر روز برای بهبود مهارت های خود تلاش می کنند، جمع می کند. این دانش آموزان با فرو رفتن در ماموریت های مختلف خارج از دادگاه برای منافع کشور، امنیت خود را در معرض خطر قرار میدهند.
در این پیش‌داستان که وقایع آن قبل از روایت اصلی رمانRe: Zero اتفاق می‌افتد، با چگونگی آشنایی پک و امیلیا آشنا می‌شویم. همچنین دلایل ناامنی و بی‌اعتمادی امیلیا به خود و دیگران برای ما آشکار میشود.
ماری می خواهد از شغل خود و همچنین از معشوقش ، پل ، فرار کند. او رویای رفتن با ژان ، یک کارگر بارانداز را دارد. این دو مرد بر سر ماری در دو مورد با هم نزاع و دعوا می کنند ، اما پل بر او تسلط ندارد. ماری بچه ای دارد که بیمار می شود و با گذشت زمان ژان و یک همسایه فلج سعی می کنند به کودک کمک کنند...
«جانی میلز» ( مکی فایفر ) به همراه «پاتی» ( جانی ویتورث ) و «هایدن» که ساکن محله هلز کیتچن نیویورک هستند دست به یک سرقت مسلحانه میزنند اما بطور اتفاقی هایدن می میرد. جانی پنج سال به زندان می افتد. «گلوریا» ( آنجلیا جولی ) که خواهر هایدن است و جانی را مقصر مرگ برادرش میداند بعد از آزادی او قصد دارد از وی انتقام بگیرد اما نمی تواند...
در آینده ای دور که نیروهای ماورا الطبیعی به آن حکمرانی می کنند، دختری جوان از یک شکارچی خون‌آشام درخواست کمک می کند تا خون‌آشامی که او را گاز گرفته از بین برده و از تبدیل شدن او جلوگیری کند...
یک آهنگساز به یک خواننده و بازیگر زن جوان کمک می کند تا در مسیر درست قرار گیرد، اگرچه خود او به واسطه مصرف الکل و مشکلاتش در مسیر سراشیبی قرار دارد و...
پس از حوادثی که با هیت اسلو رخ داد، وجود سازمان ضد تروریستی آمریکایی-ژاپنی به نام CIRS اکنون در معرض دید عموم قرار گرفته است. CIRS از صفر بازسازی شده و ویژگی های پنهان تر آن به یک آژانس جدید به نام SORD (عملیات اجتماعی، تحقیق و توسعه) منتقل شده است. هدف اصلی SORD آموزش نسل جدید جاسوسان برای محافظت از کشور در برابر تهدیدات آینده است. برای رسیدن به این هدف، سازمان در سراسر کشور مدارس زیادی را ساخته است. آکادمی میهاما که پس از بسته شدن ناگهانی به حال خود رها شده بود، تبدیل به یک مدرسه آموزش تخصصی شده است. به همین دلیل، این آکادمی جدید میهاما گروه های مختلف دانش آموزان را که هر روز برای بهبود مهارت های خود تلاش می کنند، جمع می کند. این دانش آموزان با فرو رفتن در ماموریت های مختلف خارج از دادگاه برای منافع کشور، امنیت خود را در معرض خطر قرار میدهند.
دوازده سال پس از کسب موفقیت چشمگیر بازی ویدیویی آنلاین چندنفره «ایگدراسیل»، زمان از کار انداختن دائمی سرورهای آن فرا رسیده است. در این میان، شخصیتی به نام «مومونگا» برای آخرین مرتبه به حساب کاربری خود در این بازی وارد میشود.
داستان بعد از اتفاقات قسمت سوم فیلم ایپ من جریان دارد. در حالی که استاد چئونگ چی در باشگاه خود از ایپ من شکست میخورد، سبک خود را متواضعانه در مقابل ایپ من کنار میگذارد. اما او بعد از مبارزه با یک خارجی قدرتمند به دردسر می‌افتد و…
